Wacana kemerdekaan Papua muncul ke permukaan setelah adanya perdebatan bahwa secara historis Papua bukan merupakan bagian dari Nusantara (NKRI). Namun menurut penelusuran secara historis menyatakan Papua bagian sah dari NKRI, tidak terbantahkan. Sejarawan Universitas Indonesia (UI), Magdalia Alfian mengatakan bahwa Papua adalah bagian dari Nusantara yang tersimpan dalam konsep Nusantara